主要是操作方式的差異。股票型基金是主動式的操作，績效除了與投資的市場變化有關，也會受到基金經理人投資風格及該公司研究團隊的看法而有所差別，換股頻率、基金週轉率等，亦視經理人的操作風格而定。
而ETF是被動式的操作，主要是複製標的指數的表現，故績效表現並不會受到基金經理人對市場判斷之人為影響，若長期看好某一市場的發展潛力，可透過ETF來進行投資，較不會出現看對指數卻賠了個股的情況發生。

‧買賣方便：ETF的交易方式與股票相同。
‧管理及交易成本較低：ETF所買的個股皆是追蹤指數的成份股，經理人僅需被動調整成份股，而非像一般基金背後需要有龐大的投資研究團隊從事個股的研究，因此，ETF的經理費自然遠低於一般主動式基金；另外，ETF的買賣、交易市場、計價方式完全與股票相同，但交易稅僅為千分之一，足足比股票的交易稅省了三分之二。
‧允許融資放空：ETF提供放空及融資的功能，投資人看好趨勢時，能融資買進ETF增加獲利；看壞時，投資人可先行融券賣出，待價格下跌時再執行回補策略，且ETF不受平盤以下不得放空的限制。
‧風險分散：投資人買ETF即是買進一籃子股票，可分散風險。
‧透明度高：ETF投資組合是複製追蹤指數的成份股及權重，每日皆會公告在交易所網站或是發行ETF的投信公司網站，投資人可輕易的掌握ETF投資概況；另外，ETF在公開市場交易，盤中每15秒會更新一次最新參考淨值，讓投資人能隨時掌握價格變動，並隨時以貼近基金淨值的價格買賣，透明度高。

ETF的交易方式可分為初級市場及次級市場交易二種。
‧初級市場交易：
1.初級市場的交易：投資人(包括機構法人或一般自然人)須透過參與證券商(PD, Participating Dealer)進行申購與贖回。。若要在初級市場進行申購或贖回交易，必須委託參與證券商進行。
2.申購與贖回分為：
(1)現金申購/贖回方式：客戶透過參與證券商提出申請，以每一申購基數(倍數)之預收申購價金申購，向ETF的發行公司換取ETF受益憑證；贖回時，則是用每一申購基數(或倍數)的ETF受益憑證，向ETF發行公司換回現金。
(2)實物申購/贖回方式：客戶透過參與證券商提出申請，以一籃子股票進行申購，向ETF的發行公司換取ETF受益憑證；贖回時則是用每一申購基數(或倍數)的ETF受益憑證，向ETF發行公司換回一籃子股票。
當參與證券商進行初級市場申購交易時，ETF受益憑證的發行單位數就會增加；當參與證券商進行初級市場贖回時，ETF受益憑證的發行單位數就會減少。因此ETF的受益憑證發行單位數是變動的，與開放式基金相同。
‧次級市場交易：
ETF的次級市場交易方式，與一般的集中交易市場及櫃檯買賣市場掛牌交易的股票一樣，投資人只要在任何合法的證券經紀商開立股票交易戶，就可委託該券商買賣ETF，交易的程序如同買賣股票，可以透過營業員下單，也可使用網路、電話、傳真等方式下單。投資人一般談論的ETF價格，指的就是ETF在次級市場的市價。

ETF的買賣可分為初級市場及次級市場兩大管道：
所謂初級市場買賣，是針對大額投資者，只要申購金額符合各檔ETF的初級市場交易門檻下限，即可透過參與證券商向基金公司提出現金或實物的申購、贖回申請。
至於次級市場買賣則不須向基金公司申購，而是和一般股票的交易方式一樣，投資人可以透過一般的證券商進行ETF買賣交易，若您已申辦股票網路下單功能，亦可透過各券商所提供的網路交易系統來進行ETF買賣交易。不過，若是ETF的實物申購/贖回，則須透過參與證券商向基金公司辦理。

投資人可利用證券或銀行二種投資管道來進行ETF定期定額投資。投資人在進行ETF定期定額投資前，須事先與證券公司或銀行辦理開戶並簽署相關交易等契約文件，爾後投資人即可委託證券公司或銀行辦理定期定額投資。並於契約書中明確載明成交日ETF價格之計算方式以做為成交價格依據。

所有ETF商品種類，包括指數股票型基金、國內成分證券ETF、國外成分證券ETF（含連結式ETF）及境外指數股票型基金等，上市(櫃)掛牌第一個營業日起即可進行零股交易，交易方式跟一般股票零股交易完全相同。

投資人欲透過次級市場買賣ETF，只要在任何合法的證券經紀商開立股票交易戶，就可委託該券商買賣ETF，交易的程序如同買賣股票，不需額外開立基金投資帳戶。

ETF的交易時間與上市櫃股票交易方式與交易時間相同，為每週的週一至週五的營業日，上午09點至下午01點30分。

ETF交易單位與股票一樣，在臺灣證券交易所以1000受益權單位為1個交易單位，並可適用鉅額交易相關規定。

ETF自上市(櫃)日起即得為融資融券，即可進行融資買進、融券放空以及融資融券互抵等信用交易，並不像一般股票上市(櫃)後需六個月觀察期才可公告得為融資融券交易股票。且ETF不受平盤以下不得放空之限制，但投資人仍需向往來證券商或證金公司洽詢，確定有券源時，方可融券賣出。

不同交易市場，ETF漲跌幅不相同，是投資人需要特別留意的地方：
‧國內ETF漲跌幅
目前台股單日漲跌幅限制為10%，ETF中若是連結國內成分證券指數，則是比照台股漲跌幅限制10%。比如富邦公司治理(00692)， 追蹤臺灣公司治理100指數，指數投資標的為國內成分股，漲跌幅為10%。若連結台股標的指數之槓桿/反向型ETF，則比照台股漲跌幅規定，槓桿2倍ETF漲跌幅將為10%X2，而反向型ETF則因為倍數僅有1倍，因此也是10%。
‧海外ETF漲跌幅
若是連結國外成分證券指數、國外商品期貨指數、槓桿/反向型等ETF，則無漲跌幅限制，主要是比照連結標的指數與海外交易所之規定而定。比如富邦上証(006205)，追蹤上証180指數，是無漲跌幅限制。

ETF升降單位僅有2個級距，未滿50元者為0.01元；50元以上為0.05元。

買賣ETF的成本包括了一般的交易成本（手續費、證交稅），手續費與股票相同，在千分之一點四二五的範圍內由證券商自行訂定；證交稅僅在賣出時課徵，若為上市(櫃)交易者，證交稅率為千分之一，僅為股票的三分之一。
若為債券型ETF，財政部自2017年元旦起給予停徵10年之優惠，期限至2026年底，故目前交易債券型ETF無須負擔證交稅。

ETF的淨值為該ETF所持有的全部資產價值，除以在外流通單位數而得，ETF淨值彰顯每單位受益憑證的價值，也會作為初級市場申購贖回交易的執行價格。ETF成立後，每日都會由基金會計結算其淨值，並於本公司官網公告。另外於掛牌上市/上櫃交易後，亦會公告即時估計淨值，每15秒鐘更新一次，作為投資人交易參考。資料會公佈在證交所網站及富邦ETF投資網。
ETF的市價則是次級市場交易的成交價格，該價格由股票市場上買賣力量決定，故除了參考即時估計淨值外，投資人對於ETF的持有喜好，也會改變買賣力量的強弱，故市價可能會出現高於淨值或低於淨值的情形。

因ETF的市價則是次級市場交易的成交價格，該價格由股票市場上買賣力量決定，當短期市場上買賣力量不平衡時，可能出現超額買盤拉高市價，或是超額賣盤壓低市價的情況，使得市價與淨值出現乖離。當買盤或賣盤力量過大時，便可能造成較大幅度的市價與淨值乖離，導致大幅折溢價的出現。
但長期而言，ETF具有獨特之初級市場「申購與買回」與次級市場「買進與賣出」的機制，透過這樣的機制，一旦出現較大的折、溢價時，套利者會透過兩個不同交易市場的價差交易機制來消弭，進行買低賣高的交易，進而縮減ETF折溢價幅度。
富邦ETF投資網亦提供每一檔ETF的即時折溢價幅度揭露，投資人可至網站上查詢，以掌握最精確的折、溢價資訊。

富邦投信所發行的ETF成立後每個營業日皆會結算淨值，並公告於富邦投信官網及富邦ETF投資網；於上市/上櫃後，另會公佈即時估計淨值，每十五秒更新一次，在證交所網站及富邦ETF投資網中揭露。